Trong cuộc tranh cãi không ngừng tái diễn giữa Charles và Francois, Phaolô III đã giữ vững thái độ trung lập nghiêm ngặt mặc dù Charles ép ông phải ủng hộ đế quốc và bắt Francois phải chịu những thi hành kỷ luật của giáo hội. Thái độ của Phaolô III với tư cách là người yêu nước Italia đủ để ngăn cản ông cho phép hoàng đế làm người trọng tài duy nhất của nước Italia.

Chính vì để đảm bảo sự nguyên vẹn của các lãnh thổ Giáo hoàng cũng như để thăng tiến các lợi ích gia đình mà Phaolô III đã khuyên Charles và các hồng y tin cậy của mình nâng Plaisance và Parme lên thành một đất công tước cho con trai mình là Pier Luigi. Một cuộc tranh cãi bỗng xảy ra với Gonzaga, thống đốc Milanô. Về sau việc này đã kết thúc bằng việc ám sát Pier Luigi và các lãnh thổ Giáo hoàng mất vĩnh viễn Plaisance.